教育
- 卒業生: 博士号、2017 年、ワシントン大学
- 学部: 理学士、2010 年、マイクロ/分子ルーレット 遊び方、ポートランド州立大学
ルーレット 遊び方概要
セルゲイ・オフチニコフは、系統推論、タンパク質構造の予測/決定、タンパク質設計、深層学習、エネルギーベースのモデル、微分可能プログラミングを使用して、環境、ルーレット 遊び方、ゲノム、構造、分子のスケールで進化の問題に取り組みます。タンパク質進化の統一モデルを開発中。
最近の出版物
- BindCraft: 機能性タンパク質バインダーのワンショット設計。パセサ、M、ニッケル、L、シェルハース、C、シュミット、J、ピヤトバ、E、キスリング、L、バレンツェ、P、チョードリー、J、カプール、S、アルカラス・セルナ、A他。 2024.bioRxiv、.
ドイ:10.1101/2024.09.30.615802Pルーレット 遊び方D:39677777 - 生成モデルを使用したタンパク質の絶対的なフォールディング安定性の予測。Cagiada、M、Ovchinnikov、S、Lindorff-Larsen、K. 2025。Protein Sci 34、e5233。
ドイ:10.1002/pro.5233Pルーレット 遊び方D:39673466 - 正確なデノボ深層学習を使用した高親和性タンパク質結合大環状化合物の設計。レッティ、SA、ユルゲンス、D、アデボミ、V、ブエソ、YF、チャオ、Q、ルヴェイユ、AN、リュー、A、ベラ、AK、ウィルムス、JA、ウッフィング、A他。 2024.bioRxiv、.
ドイ:10.1101/2024.11.18.622547Pルーレット 遊び方D:39605685 - タンパク質言語モデルは、相互作用する配列モチーフの進化統計を学習します。Zhang、Z、Wayment-Steele、HK、Brixi、G、Wang、H、Kern、D、Ovchinnikov、S. 2024。Proc Natl Acad Sci USA 121、e2406285121。
ドイ:10.1073/pnas.2406285121Pルーレット 遊び方D:39467119 - 緩和された配列空間での最適化を使用した、スケーラブルなタンパク質設計。フランク、C、コショウエイ、A、Fuβ、L、シヴィーツ、D、プッツ、D、ウェーバー、L、チャオ、Z、服部、M、フェン、S、デ・スティグター、Y他。 2024。サイエンス 386、439-445。
ドイ:10.1126/science.adq1741Pルーレット 遊び方D:39446959 - ColabFold を使用した簡単かつ正確なタンパク質構造予測。キム、G、リー、S、レヴィ カリン、E、キム、H、森脇、Y、オフチニコフ、S、シュタイネッガー、M、ミルディタ、M。2024. Nat Protoc , .
ドイ:10.1038/s41596-024-01060-5Pルーレット 遊び方D:39402428 - 可溶性および機能性膜タンパク質類似体のコンピューター設計。カリフォルニア州ゴベルデ、パセサ、M、ゴールドバッハ、N、ドルンフェルド、LJ、バルビ、PEM、ジョージオン、S、ロセット、S、カプール、S、チョードリー、J、ダウパラス、J他。 2024. Nature 631, 449-458.
ドイ:10.1038/s41586-024-07601-yPルーレット 遊び方D:38898281 - 新たに設計された水溶性および膜貫通βバレルの検証:インシリコ折りたたむと溶ける。エルモシラ、AM、バーナー、C、オフチニコフ、S、ヴォロビエワ、AA。 2024。Protein Sci 33、e5033。
ドイ:10.1002/pro.5033Pルーレット 遊び方D:38864690 - ゲノム言語モデルはタンパク質の共制御と機能を予測します。ファン、Y、コーンマン、AL、ケロッグ、EH、オフチニコフ、S、ギルギス、PR。 2024. Nat Commun 15、2880。
ドイ:10.1038/s41467-024-46947-9Pルーレット 遊び方D:38570504 - 内在性膜タンパク質の可溶性機能類似体のコンピューター設計。カリフォルニア州ゴベルデ、パセサ、M、ゴールドバッハ、N、ドルンフェルド、LJ、バルビ、PEM、ジョージオン、S、ロセット、S、カプール、S、チョードリー、J、ダウパラス、J他。 2024.bioRxiv、.
ドイ:10.1101/2023.05.09.540044Pルーレット 遊び方D:38496615